Téhéran rassemble les établissements les plus sélectifs d'Iran et la majorité des centres de recherche du pays.
Deux ministères se partagent la tutelle. Le ministère des Sciences, de la Recherche et de la Technologie supervise les universités générales et technologiques. Le ministère de la Santé et de la Formation médicale contrôle les universités de sciences médicales. L'accès aux établissements publics passe par un concours national annuel, le konkour, auquel se présentent près d'un million de candidats pour un nombre de places nettement inférieur. À côté du secteur public, l'Université islamique Azad et l'Université Payam-e Nour, payantes, accueillent une large part des effectifs, avec plusieurs campus dans l'agglomération.
Les universités technologiques de la capitale sont réputées en mathématiques, informatique, génie civil, mécanique, électronique et pétrole. Les sciences médicales, la pharmacie et la biotechnologie forment l'autre pôle fort. Le droit, l'économie, les sciences humaines et les langues se concentrent à l'Université de Téhéran et à Allameh Tabatabai. La coopération scientifique internationale reste limitée par les sanctions, qui restreignent l'accès aux équipements, aux revues et aux financements.
Dans les universités publiques, la scolarité des étudiants iraniens admis en formation initiale à temps plein est prise en charge par l'État. Les étudiants étrangers acquittent des droits fixés par établissement, de l'ordre de quelques centaines de dollars par semestre en licence, davantage en médecine et en doctorat. Le logement en cité universitaire coûte quelques dizaines de dollars par mois à Téhéran. Ces montants restent modestes en devises, mais les paiements depuis l'étranger sont compliqués par l'exclusion des banques iraniennes des circuits internationaux.
Les candidatures étrangères passent par les services internationaux des universités, hors konkour, et un visa d'études est requis. L'enseignement se donne en persan dans la plupart des filières, avec des programmes en anglais surtout en médecine et en ingénierie. Des bourses existent auprès des deux ministères de tutelle.